L’epididimite generalmente guarisce completamente se trattata efficacemente. Il trattamento antibiotico di solito deve essere protratto per almeno 10-14 giorni e si basa sull’utilizzo di fluorochinolonici come la ciprofloxacina o di tetracicline come la doxiciclina. Tuttavia, può comportare delle complicanze sgradevoli se sottovalutata, quali la formazione di un ascesso o infertilità. Si consiglia sempre di completare il ciclo antibiotico prescritto e farsi rivedere da un medico a fine del trattamento. Qualora non dovesse guarire completamente può portare allo sviluppo di una epididimite cronica, condizione di difficile trattamento.